Не очень понятна фраза:
Цитата: использование автомобиля в служебных целях в день около 30%,
Имеется в виду, что в месяц пробег автомобиля в служебных целях составляет примерно 30%, а 70% в личных целях?
Цитата: Ежемесячная компенсация работнику 2000 руб,
Не нужно подгонять расчеты под 2000 руб. и искать способы обосновать маленькую сумму компенсации.
Компенсация не облагается НДФЛ и взносами (ст 422, 217 НК), поэтому смысл расчета компенсации в том, чтобы обосновать большую сумму компенсации, то есть чтобы необлагаемая сумма не была заоблачной, чтобы она не превратилась в скрытую форму осуществления иных выплат, которые облагаются НДФЛ и взносами.
В Вашем варианте стоимость автомобиля делите на СПИ и умножаете на 30%. Но я бы не стала умножать, потому что это повод для придирок, ведь доля может меняться из месяца в месяц.
Оформляете доп.соглашение к трудовому договору, в котором прописываете согласованную сумму компенсации в размере 2000 рублей.
Тот факт, что 2000 руб. значительно ниже суммы износа, не будет основанием для претензий со стороны проверяющих, для них важно, чтобы сумма не была большой.